Mục tiêu chung của Chương trình là bảo tồn, bảo vệ, tái tạo nguồn lợi thủy sản nhằm phục hồi và sử dụng hợp lý, hiệu quả nguồn lợi thủy sản và các hệ sinh thái thủy sinh; gắn hoạt động tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, quản lý nguồn lợi thủy sản với hoạt động khai thác thủy sản bền vững, chống khai thác IUU; nâng cao nhận thức của cộng đồng và xã hội về bảo tồn, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản góp phần phát triển thủy sản bền vững, giữ gìn tính đa dạng sinh học, giá trị tài nguyên sinh vật của Việt Nam; chủ động ứng phó có hiệu quả với biến đổi khí hậu và nước biển dâng; thúc đẩy tăng trưởng xanh, nâng cao đời sống và sinh kế cho người dân, bảo đảm quốc phòng, an ninh, chủ quyền quốc gia.

Để có thể đạt được những mục tiêu đề ra, Chương trình đã đưa ra 6 nội dung chính cần thực hiện. Thứ nhất là điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản.

Thứ hai, công tác bảo tồn biển cần rà soát, điều chỉnh diện tích, phân khu chức năng của các khu bảo tồn biển đã được thành lập và thành lập mới các khu bảo tồn biển theo Quy hoạch bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản.

Thứ ba, công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản cần tổ chức quản lý các khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn, khu vực đường di cư tự nhiên của loài thủy sản.

Thứ tư, việc tái tạo, phát triển nguồn lợi thủy sản và phục hồi môi trường sống của loài thủy sản cần triển khai sinh sản nhân tạo, ương nuôi, thả tái tạo một số loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm, loài thủy sản có giá trị kinh tế, khoa học, loài thủy sản bản địa, loài thủy sản đặc hữu vào các thủy vực; tăng cường quản lý các khu vực, loài thủy sản được tái tạo, phục hồi để bảo đảm hiệu quả.

Phục hồi và bảo vệ môi trường sống của các loài thủy sản, đặc biệt là các khu vực tập trung sinh sản, khu vực thủy sản còn non tập trung sinh sống, nơi cư trú và đường di cư tự nhiên của các loài thủy sản. Đánh giá hiệu quả hoạt động tái tạo nguồn lợi thủy sản, phục hồi hệ sinh thái và môi trường sống của loài thủy sản.

Thứ năm, để thúc đẩy cộng đồng, tổ chức, cá nhân tham gia bảo vệ nguồn lợi thủy sản cần rà soát, tổ chức lại các hình thức tổ đội sản xuất trên biển theo hướng khai thác gắn với quản lý, bảo vệ nguồn lợi thủy sản, môi trường sống của các loài thủy sản; hỗ trợ cơ quan chức năng giám sát, thông báo các hành vi khai thác gây hại đến nguồn lợi thủy sản.

Thứ sáu, nhằm ngăn chặn sự suy giảm nguồn lợi thủy sản, cần điều chỉnh, cơ cấu lại các nghề khai thác thủy sản phù hợp với khả năng cho phép khai thác của nguồn lợi thủy sản theo hướng không phát triển và giảm dần một số loại nghề khai thác không thân thiện với nguồn lợi và môi trường, có tính chọn lọc thấp, khai thác thủy sản còn non ở vùng biển ven bờ và vùng nội địa.

Chính phủ giao Bộ NN-PTNT chịu trách nhiệm điều phối và tổ chức thực hiện Chương trình trên phạm vi cả nước; bố trí kinh phí cho hoạt động kiểm tra, giám sát, đánh giá, tổ chức hội thảo/hội nghị triển khai, sơ kết, tổng kết thực hiện Chương trình.