Nhiều vi phạm tại chùa Khúc Thủy vẫn tiếp diễn, bất chấp văn bản của Sở VH-TT Hà Nội chỉ đạo di dời những hạng mục sai phạm trong khuôn viên chùa.
Trong các số báo 45, ngày 2/11/2017, Báo TNVN có bài: “Công trình lạ bủa vây chùa nghìn tuổi”, nội dung bài báo phản ánh nhiều công trình lạ được xây dựng trong khuôn viên chùa Khúc Thủy, phá vỡ cảnh quan, không gian của ngôi chùa, vi phạm luật di sản đối với di tích cấp Quốc gia. Những sai phạm này đã được Sở VH-TT Hà Nội tiến hành kiểm tra, làm rõ và có văn bản yêu cầu nhà chùa và UBND xã Cự Khê, huyện Thanh Oai có biện pháp khắc phục sai phạm.
Ngày 11/11/2018, nhiều vi phạm vẫn ngang nhiên tồn tại trong khu vực bảo tồn di tích Quốc gia chùa Khúc Thủy
Cụ thể, Sở VH-TT có văn bản số 3015, ngày 15/8/2017, yêu cầu UBND huyện Thanh Oai thực hiện một số nội dung trước 15/9/2017. Theo đó, Sở VH-TT yêu cầu tổ chức cắm mốc giới khu vực bảo vệ di tích, tổ chức quản lý mặt bằng và không gian di tích chùa Khúc Thuỷ theo quy định tại Điều 6, Quy chế quản lý, bảo vệ và phát huy giá trị di tích lịch sử văn hoá và danh lam thắng cảnh trên địa bàn thành phố Hà Nội. Đồng thời, địa phương tăng cường tuyên truyền, giải thích, vận động nhà chùa, nhân dân và những người công đức bỏ thảm trải nền nhà Tiền đường, các tranh trang trí không phù hợp, các mảng rèm trang trí tại nhà Tổ, đôi sư tử đá trước nhà Tam bảo, xong trong tháng 11/2017. Huyện cũng phải có kế hoạch thực hiện di dời những pho tượng Phật, vật kiến trúc không có tại thời điểm xếp hạng di tích ra ngoài khuôn viên di tích, xử lý các vi phạm trật tự xây dựng, không để xảy ra vi phạm mới tại di tích. Có báo cáo làm rõ nguồn gốc phần diện tích đất “cung tiến” cho nhà chùa sử dụng. Tổ chức kiểm kê, lập hồ sơ khoa học hiện vật có trong di tích theo nội dung đã nêu tại công văn số 3015 ngày 15/8/2017 của Sở VH-TT, sắp xếp bài trí tượng trên Tam bảo.
Ngày 11/11/2018, có mặt tại chùa Khúc Thủy, phóng viên Báo TNVN ghi nhận, bên cạnh những hạng mục vi phạm như: 100 bức tượng Phật, đôi sư tử đá đã được di dời ra ngoài phạm vi mốc giới bảo vệ di tích. Tuy nhiên, bức tượng Phật lớn đặt trước Tam bảo, những bức tranh không phù hợp, những mảng tường-rèm trang trí vẫn nằm yên vị, xâm hại đến không gian khu vực bảo tồn, mốc giới di tích cũng chưa được xác định rõ ràng. Đồng thời, những hạng mục xây dựng mới vẫn đang tiếp tục mọc lên ngay khoảng giữa nhà tổ và Tam bảo, nằm trong phạm vi mốc giới bảo tồn di tích.
Ông Đặng Cát Lượng, người dân thôn Khúc Thủy cho biết: Cuối năm 2017, sau khi báo chí phản ánh, Sở VH-TT có văn bản chỉ đạo khắc phục sai phạm, nhà chùa đã cho tháo dỡ những bức tranh không phù hợp. Tuy nhiên, chỉ ít ngày sau, khi sự việc lắng xuống, bức tranh ấy lại được nhà chùa treo trở lại, bất chấp văn bản chỉ đạo di dời những hạng mục sai phạm này của Sở VH-TT Hà Nội.